接第一季结尾，仙帝牧云渡第九重天劫失败，灵魂附身到废柴高中生林木身上。他发现地球灵气稀薄，必须用“科学修仙法”——结合健身、饮食和电磁场来淬体。第二季中，牧云不仅要应付校园生活，对抗暗中觊觎他的魔道组织“暗月”，还要参加“全国高中生武道大会”。他的死对头是同样隐藏在都市中的魔尊转世。牧云通过发明“灵力健身环”和“奔跑吧修仙”APP，秘密培养了一批都市散修。本季高潮是武道大会决赛，牧云对战魔尊，双方肉身强度达到“十万层”境界，一拳打碎了体育馆的次元壁，导致真实与虚幻融合，为第三季埋下伏笔。
制作水准比第一季提升明显，打斗场面更加流畅，分镜极具冲击力。最大的亮点是把修仙体系和现代职场、校园文化结合，产生了奇妙的喜剧化学反应。男主一本正经地装逼，完全不尴尬。
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一个男人策划了天衣无缝的谋杀案，却在得手后惊恐地发现，自己掉进了另一个更深的陷阱。
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第一季结尾断剑重铸，女侠明月踏上复仇路，却发现仇人是亲姐姐。
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新一代缉毒警顺着暗网卖家线索，重返金三角，对抗科技武装的新型毒枭。
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得知奶奶只剩三个月生命，孙子陪她完成遗愿清单，最后一项竟然是“找到六十年前的初恋，当面问一句他过得好不好”。
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天界玉佩裂开后，夜澈下凡成木雕匠，越想回天庭却越被卷入人间水灾，她发现爱并非拯救别人的魔法，而是修补最具体的伤口与桥。
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一名年轻刑警潜入黑恶势力内部，却发现自己的亲舅舅就是最大的“保护伞”。
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一个被死神判处“利修”（永不超生）的罪人，被罚在24小时便利店打工，为将死之人补遗憾。